در این دسته از آیات، دو واژه‌ی «خلق» و «امر» درباره‌ی خلقت جهان به کار رفته است؛ نظیر «أَلاَ لَهُ الْخَلْقُ وَالْأَمْرُ» (اعراف: 54)، «وَالشَّمْسَ وَالْقَمَرَ وَالنُّجُومَ مُسَخَّرَاتٍ بِأَمْرِهِ» (اعراف: 54)، «خَلَقَ السَّماوَاتِ وَالْأَرْضَ وَمَا بَیْنَهُمَا فِی سِتَّةِ أَیَّامٍ» (سجده: 4)، «الَّذِی أَعْطَى‏ كُلَّ شَیْ‏ءٍ خَلْقَهُ ثُمَّ هَدَى‏» (طه: 50)، واو عاطفه در آیه‌ی «أَلاَ لَهُ الْخَلْقُ وَالْأَمْرُ» (اعراف: 54)، نشان دهنده‌ی وجود تغایر و اختلاف میان معطوف، یعنی امر، و معطوف علیه، یعنی خلق، است. درباره‌ی وجه تفاوت خلق و امر نظرات گوناگونی است که به اجمال بیان می‌شود؛
1. خلق و امر هر دو به معنای ایجاد است؛ ولی خلق ایجاد تدریجی و زمانمند است: «خَلَقَ السَّماوَاتِ وَالْأَرْضَ فِی سِتَّةِ أَیَّامٍ» (حدید: 4)، در حالی که امر ایجاد دفعی است: «وَمَا أَمْرُنَا إِلَّا وَاحِدَةٌ كَلَمْحٍ بِالْبَصَرِ» (قمر: 50)؛ از این رو، آیاتی که مربوط به خلقت بدن است، به توالی و زمانمندی تصریح دارد، ولی درباره‌ی ایجاد روح که از امر رب است، زمان مطرح نمی‌شود. (1)
2. در ایجاد از نوع خلق تقدیر مقدرات و تألیف جهات ضروری است: «خَلَقَ كُلَّ شَیْ‏ءٍ فَقَدَّرَهُ تَقْدِیراً» (فرقان: 2) ولی در ایجاد به شکل «امر» تقدیر جهات وجودی و تنظیم مقدمات و جمع زمینه‌ها اساساً مطرح نیست. (2)
3. امر، منزه از تضاد، تکثر و تغیر است، همان‌گونه که کلام خدا آن را به صفت وحدت می‌ستاید؛ ولی خلق شامل تکثیر، کثرت، تغییر و متغیرات است و محل اضداد است: «وَلاَ رَطْبٍ وَلاَ یَابِسٍ إِلَّا فِی كِتَابٍ مُبِینٍ» (3) (انعام: 59).
4. امر مخصوص خداست، ولی خلق به غیر خدا نیز نسبت داده می‌شود: «وَإِذْ تَخْلُقُ مِنَ الطِّینِ كَهَیْئَةِ الطَّیْرِ بِإِذْنِی فَتَنفُخُ فِیهَا» (مائده: 110)؛ البته ضمیر جمع در آیه «وَمَا أَمْرُنَا إِلَّا وَاحِدَةٌ كَلَمْحٍ بِالْبَصَرِ» (قمر: 50)، می‌تواند مورد نقضی برای این وجه، یعنی انحصار امر به خدا در مقابل تعمیم خلق به غیر خدا باشد.
با این همه، گرچه توجه به تفاوتهای مزبور میان خلق و امر از لطائف تفسیری است، ولی مولد سؤالهای جدیدی است که به ارتباط میان خلق و امر مربوط می‌شود. اگر خلق و امر دو شیوه از ایجاد است و خلق، ایجاد تدریجی مشروط، زمانمند و مشترک است، ولی امر، ایجاد دفعی، نامشروط، بی‌زمان و منحصر به فرد است و اگر هر دو به خداوند واحد، ثابت، کامل و ازلی نسبت داده می‌شوند، پس ارتباط خلق با امر چگونه است؟
در این سؤال، دست کم دو مسئله اساسی به طور ضمنی وجود دارد که یکی به توجیه ارتباط خدای خالق واحد ازلی با مخلوقات حادث، متحرک، متغیر، متدرج مربوط می‌شود و دیگری به توجیه ارتباط ایجاد امری، با نظام علّی معطوف است.
توجیه ارتباط خداوند ثابت، یگانه، لایزال و منزه از تدریج و تطور با موجودات متطور و متدرج، از مسئله‌های مهم علم تفسیر و کلام است؛ زیرا خالقیت خداوند و تدبیر او نسبت به کل عالم و مبدئیت او نسبت به همه‌ی آفرینش که دارای اجزای متغیر و متجدد است، در گرو تحقق اسباب و علل است و مستلزم قابلیتها و استعدادهای گوناگون است. بنابراین، خالقیت خداوند خالقیتی مشروط می‌شود و خالقیت مشروط از منظر دینی مطرود است.

یک راه حل این است که با استناد به آیه‌ی «وَمَا أَمْرُنَا إِلَّا وَاحِدَةٌ كَلَمْحٍ بِالْبَصَرِ» (قمر: 50) و آیات مشابه که آفرینش یکباره و یگانه یا دفعی عالم را تصریح می‌کنند، خالقیت خدا را در سرسلسله‌ی هستی ضروری بدانیم؛ نه در متن سلسله‌ی هستی، ولی این راه حل با آیاتی نظیر «كُلَّ یَوْمٍ هُوَ فِی شَأْنٍ» (الرحمن: 29)، که ناظر به آفرینش مستمر جهان هستند و ضرورت خالقیت خداوند در متن سلسله‌ی هستی و به طور مستمر اثبات می‌کنند، در تعارض خواهد بود.
از سوی دیگر، میان ایجاد دفعی و نامشروط که مضمون واژه‌ی «امر» در «قمر: 50» یا واژه «کن» در «یس: 85» است، با نظام علّی حاکم بر جهان هستی، تعارض دیده می‌شود. آیات قرآن نیز در این زمینه دو دسته هستند: دسته‌ی اول، شامل آیاتی هستند که خداوند را «خالق کل شیء» می‌دانند و خالقیت خدا را به آنچه مصداق شیء واقع شود، از طبیعت گرفته تا جامعه، فرهنگ، معقولات، تخیلات و حتی اعمال انسانی، همه و همه تعمیم می‌دهند؛ (4) دسته‌ی دوم، آیاتی هستند که فعل الهی را مشروط به شرایطی می‌کنند؛ یعنی قانون علّیت را تأیید بر فراگیری نظام علّی در جهان اشاره دارند. دسته‌ی اخیر حاوی تعبیراتی است که وقوع یک واقعه را به علتهای طبیعی (5) یا انسانی تعلیل می‌کند؛ مثلاً چون باران بارید، پس درخت میوه داد، یا چون آن قوم عمل زشتی را مرتکب شدند، این عذاب نازل شد.
در هر صورت، نمی‌توان با توجه به تعداد فراوانی از آیات ناظر به نظام علّی در جهان، علّیت حق یا رابطه‌ی علّی خدا با جهان را منکر شد و قانون علّیت را بدون اعتبار دانست. از سوی دیگر، انحصار علّیت خداوند در حدوث جهان نیز راه‌گشا نیست و نمی‌توان راهی را پیمود که انتهایش ایجاد به نحو امر را به سرآغاز هستی منتسب می‌کند و خدا را در آن علت تامّه می‌داند، ولی ایجاد به نحو خلق را به خود جهان آفرینش منسوب می‌دارد و آن را همچون «ساعتی ملکوتی» می‌داند که براساس قانون علّیت تنظیم شده است؛ زیرا به تعبیر ابن‌سینا، مناط فقر موجودات به علّت تامّه، حدوث آنها نیست، بلکه امکان ذاتی آنهاست و اطلاق یا نامتناهی واجب سبب می‌شود که او در متن سلسله‌ی موجودات همواره حضور داشته باشد. (6)
قرآن تنها موجودات مجهول العلّه را نشانه‌های وجود خالق نمی‌داند. خدای قرآن خدای رخنه‌ها نیست که هرگاه تبیین علّی پدیده‌ها در طبیعت ممکن نباشد، استفاده ابزاری از مفهوم خدا را جایز بداند. از منظر قرآن همه‌ی موجودات و همه‌ی حوادثی که حتی خود قرآن تبیین علّی کرده است، از آیات الهی به شمار می‌روند. (7)
از سوی دیگر، برخی آیات قرآن که به جهت کلی نظام آفرینش اشاره دارند، اتصال عمومی اجزای جهان با یکدیگر و روابط ایجادی میان آنها را هم نشان می‌دهند. نظیر آیه‌ی «وَلِكُلٍّ وِجْهَةٌ هُوَ مُوَلِّیهَا» (بقره: 148) و آیه‌ی «لَهُ الْخَلْقُ وَالْأَمْرُ» (اعراف: 54) و «هُوَ قَائِمٌ عَلَى‏ كُلِّ نَفْسٍ بِمَا كَسَبَتْ» (رعد: 33). (8)
برخی از مفسران با ارائه نظریه علّیت طولی برای توجیه قانون علّیت در هماهنگی با فراگیری فاعلیت حق کوشیده‌اند. در نظریه‌ی علّیت طولی تعبیر «خالق کل شیء» منافی رابطه‌ی علّی میان موجودات نیست؛ زیرا بر طبق قانون علّیت، دو علّت هم‌عرض نمی‌تواند در معلول واحد مؤثر باشد، ولی دو علتی که در طول یکدیگر است، تواردشان به یک معلول نه تنها محال نیست که ضروری هم است؛ چون فقط توارد دو علت تامّه بر یک معلول محال است نه توارد علتهای ناقصه یا توارد طولی علت ناقصه با علت تامه. (9) البته چگونگی تداخل دو علت ناقصه و تامّه که به صورت مشارکت است یا تجلی یا غیره شرح نمی‌شود.
راه دیگر توجیه ارتباط امر و خلق راهی است که صدرا پیموده است. (10) این راه مبتنی به راه حل فلسفی خاصی است که او برای حل تعارض مربوط به کثرت حقیقی موجودات با «قائده الواحد» ابداع کرده است. در مباحث فلسفی و کلامی، صدرا بر اساس نظریه‌ی وحدت تشکیکیه وجود ثابت می‌کند که قاعده‌ی «الواحد لایصدر منه الا الواحد» با کثرت افعال و آثار مبدء بسیط، ناسازگار نیست و سنخیت مخلوقات متنوع و متعدد با فاعل مطلق، مقتضای تشکیک در هستی است؛ به عبارت دیگر، فعل مبدء بسیط یک واحد تشکیکی است که بر کثرتهای شخصی مشتمل می‌شود. موجودات مقید و کثیر نیز با حفظ شرایط و قیود یا وساطت مراتبی که شرط و زمینه‌ی تحقق آن را فراهم می‌کنند. از همان مبدء بسیط صادر می‌شود؛ یعنی بسیط الحقیقه و قاعده الواحد منافاتی با توحید افعالی ندارد. (11)