چند روز پس از برگزاری آن نشست خبری، اطلاعاتی در مورد جمع‌آوری رادارهای برخی شهرها منتشر شد. سازمان مجاهدین خلق که ادعای سردمداری مبارزه با امپریالیسم و آمریکا را داشت و عناصر نفوذی آن در نهادهای مختلف مانند ارتش حضور داشتند، در اطلاعیه‌ای در روز ۱۴ اردیبهشت اعلام کرد که در روز چهارشنبه بعدازظهر (سوم اردیبهشت ۵۹)، تلفن‌گرامی (سازمان شماره آن تلفن‌گرام را هم در اطلاعیه خود آورده است)، از طرف قسمت عملیات ستاد نیروی هوایی به گردان پدافند زمین به هوای پایگاه یکم و چند شهر دیگر نظیر شیراز، مشهد و... مخابره شده و از مسئولین خواسته شده است، فوراً تمام آتشبارها و توپ‌های زمین به هوای مستقر در خط پرواز پایگاه‌ها و باندها را جمع کنند.
این موضوع در هفته‌نامه "کارگر" ارگان حزب کارگران سوسیالیست هم تکرار شد، به‌اضافه اینکه در آن گزارش آمده بود: «در خور توجه است که چراغ‌های ورزشگاه امجدیه که در کنار مرکز جاسوسی قرار دارد و گویا به‌عنوان محل فرود هلیکوپترهای آمریکایی انتخاب شده بود، در شب عملیات تا صبح روشن بوده است.»
سازمان در نشریه مجاهد نیز به‌صورت ویژه به این موضوع پرداخت و در روز ۱۷ اردیبهشت مقاله‌ای با عنوان "رادارهای محلی که نقاط کور را می‌پوشانند کجا بودند" منتشر کرد.
دانشجویان پیرو خط امام نیز چندی بعد عنوان کردند: "چند روز پیش از تجاوز طبس، از سوی فرماندهان نظامی که بنی‌صدر آنها را به کار گماشته بود، یعنی تیمسار شادمهر رئیس وقت ستاد مشترک و تیمسار باقری فرمانده وقت نیروی هوایی، به پایگاه یکم شکاری دستور داده شد توپ‌های ضدهوایی ۲۳میلی‌متری که حریم حفاظتی فرودگاه مهرآباد و خود پایگاه را تأمین می‌کرد، جمع‌آوری شود. همین کار در پایگاه‌های دیگر مانند شیراز و ایستگاه رادار مشهد نیز انجام شده بود." در نهایت محمدی ری‌شهری رئیس دادگاه انقلاب ارتش این ادعا را تأیید و یکی از دلایل دستگیری تیمسار باقری را جمع‌کردن توپ‌های ضدهوایی در تهران و مشهد اعلام کرد.
** چه‌کسی ادعا کرد اسناد محرمانه در بالگردهاست؟
موضوع دیگری که آن روزها حساسیت مردم را برانگیخت، هدف قرار دادن هلیکوپترهای به‌جامانده در صحرای طبس توسط جنگنده‌های نیروی هوایی ارتش بود. این اتفاق علاوه بر اینکه منجر به شهادت محمد منتظرقائم فرمانده سپاه یزد شد، بسیاری از اسناد و مدارک محرمانه هم از بین رفت.
اما چه‌کسی ادعا کرد که در بالگردها اسناد محرمانه وجود دارد؟ براساس گزارش آسوشیتدپرس از واشنگتن، روبرت باوسن یک نماینده دموکرات آمریکا پس از جلسه‌ای که به‌دعوت هارولد براون وزیر دفاع این کشور، تشکیل شده بود، فاش کرد یکی از هلیکوپترهایی که پس از شکست مأموریت نجات گروگان‌های آمریکایی در ایران به‌جا مانده است، حاوی مدارک سرّی است که جزئیات اقدام نجات در آن آمده است. باوسن گفت اعضای کابینه هیچ‌گونه اطلاعات بیشتری در مورد متن اسناد ندارند.
همچنین در ساعت ۱۸:۲۵ روز ۵ اردیبهشت (به‌وقت تهران)، رادیو صدای آمریکا خبر باقی‌ماندن مدارک سری مربوط به عملیات را در هلیکوپترها اعلام کرد.
پس از بمباران هلیکوپترها نیز آسوشیتدپرس در گزارشی دیگر به‌نقل از یک افسر عالی‌مقام آمریکایی فاش کرد برخی از وسایل و اسناد سری آمریکا در هلیکوپترهایی که پس از شکست این مأموریت در نزدیکی طبس رها شده‌اند، جا مانده که در میان آنها تعدادی از دستگاه‌های دقیق مخابراتی و الکترونیکی خنثی‌کننده رادار و غیره وجود داشته است. او افزود "با بمباران این هلیکوپترها توسط نیروی هوایی ایران دیگر اسراری وجود ندارد که به چنگ کسی بیفتد."
وزیر دفاع آمریکا نیز در ۱۹ اردیبهشت با تأیید وجود اسناد محرمانه در آن هلیکوپترها، دلیل نابود نکردن آنها را این‌گونه عنوان کرد: «بیرون آوردن اسناد محرمانه از هلیکوپترها بسیار خطرناک تشخیص داده شد و این خطری بود که هم برای خدمه هلیکوپترها و هم بالقوه برای تجدید سازمان تیم در صورتی که تعداد بیشتری کشته می‌شدند، وجود داشت.»
هرچند اسناد مهمی در پی اقدام نیروی هوایی ارتش از بین رفت، اما اسنادی به دست آمد که این امر نشان می‌دهد اسنادی وجود داشته است. آیت‌الله خلخالی که برای بازدید از منطقه سقوط هواپیمای متجاوز آمریکا به طبس رفته بود، گفت: "مقداری اسناد و مدارک که جزئیات مسیر پرواز را نشان می‌دهد نزد خود من است و به کارشناسان مطمئن تحویل خواهد شد."
هلیکوپترهای آمریکایی در سه نوبت عصر جمعه ۵ اردیبهشت ساعت ۱۸:۳۰، ساعت ۲۲:۳۰ و صبح شنبه ساعت ۷ بمباران شد.
** چه‌کسی دستور تیراندازی به بالگردها را صادر کرد؟
در ساعت ۱۵:۴۰ دقیقه روز ۵ اردیبهشت، تلفن‌گرامی از سماجا۳ (مرکز فرماندهی) با امضای سرلشکر شادمهر رئیس ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی به فرماندهی نیروی هوایی ارتش ارسال شد که در آن آمده بود: «برابر اعلام سپاه پاسداران ۵ فروند هلیکوپتر بدون علائم ملّیت در منطقه طبس وجود دارد که موتور یک فروند آنها روشن می‌باشد. دستور فرمایید نسبت به جلوگیری از پرواز هلیکوپترها و عنداللزوم حمله به آنها اقدام نمایند.»
هلیکوپترهای آمریکایی در سه نوبت عصر جمعه ۵ اردیبهشت ساعت ۱۸:۳۰، ساعت ۲۲:۳۰ و صبح شنبه ساعت ۷ بمباران شد. در اولین مرحله بمباران، محمد منتظرقائم فرمانده سپاه یزد که همراه ۴ پاسدار دیگر به محل حادثه رفته بود، به شهادت رسید و ۲ تن از همراهان وی هم مجروح شدند. هدف از این بمباران‌ها که به انهدام هلیکوپترهای آمریکایی باقی‌مانده در منطقه انجامید، جلوگیری از عملیات احتمالی دشمن در ربودن هلیکوپترها اعلام شد.
محمدرضا مهدوی‌کنی سرپرست وزارت کشور در مورد بمباران هلیکوپترها و هواپیماهای آمریکایی گفت: شکاری‌های نیروی هوایی به‌دستور رئیس‌جمهور آنها را بمباران کردند، به‌شکلی که بعداً بتوان از آنها استفاده کرد، ولی در حال حاضر قابل استفاده نباشند.
امیربهمن باقری فرمانده وقت نیروی هوایی ارتش هرچند اعلام کرد که مخالف این تصمیم بوده است، اما نیروهای تحت امر او اقدام به اجرای این تصمیم کردند.
اتهامات باقری
امیربهمن باقری که پس از ماجرای تیراندازی به بالگردهای آمریکایی مجبور به استعفا شد در ساعت ۶ صبح روز ۲۲ شهریور ۵۹ در حین خروج از کشور توسط پاسداران انقلاب در فرودگاه مهرآباد دستگیر شد، در حالی که برخی وانمود می‌کنند این اقدام از سوی سپاه انجام گرفت، اما او از سوی حاکم شرع دادگاه‌های ویژه ارتش ممنوع الخروج شده بود. او هنگام خروج از ایران، مقداری مارک فرانسه با خود داشت. باقری از حدود یک ماه قبل ممنوع‌الخروج شده بود و دادگاه انقلاب ارتش این مطلب را به تیمسار فلاحی گفته بود که به او اعلام کند.
محمدی ری‌شهری رئیس دادگاه انقلاب اسلامی گفت "تقریباً سه هفته قبل بود که ایشان قصد داشت با ایرتاکسی از ایران خارج شود که از ایشان محترمانه خواسته شد تا از ایران خارج نشوند تا به پرونده‌شان رسیدگی بشود و آقای قدوسی هم با دفتر آقای بنی‌صدر ریاست‌جمهور تماس گرفته بودند تا اعلام کنند ایشان ممنوع الخروج است، ولی متأسفانه آن‌طوری که به من گزارش دادند، یک گذرنامه سیاسی برای ایشان درست شده است که برخلاف اجازه دادستانی‌کل و برخلاف حکمی است که ما قبلاً ایشان را ممنوع الخروج اعلام کرده بودیم، می‌باشد و از این نظر، ما نیز بنا به وظیفه‌ای که داریم ایشان را بازداشت کردیم تا بعداً بازجویی شوند."
او دلایل بازداشت باقری را این‌گونه برشمرد: «تیمسار باقری متهم به اختلاس و حیف‌ومیل بیت‌المال و نیز دست‌داشتن در جریان طبس و جمع‌کردن توپ‌های ضدهوایی در تهران و مشهد می‌باشد.»
