اختلاف اساسی شیعه و سنی برسر خلافت اسلامی و مرجعیت دینیاست. اهل سنت امامت را به عنوان رهبری اجتماع قبول دارند، ولی امامت به معنای مرجعیت دینی و به معنی ولایت را نمی پذیرند.اهل تسنن برای هیچ کس حتی برای ابوبکر و عمر و عثمان چنین منصبی را قائل نیستند، از این رو عصمت را در امام و خلیفه لازم نمی دانند، ولی شیعه امامان خود را معصوم از خطا می دانند.از این رو استاد مطهری(ره) اختلاف سنی و شیعه را در بحث امامت ریشه ای می داند و می گوید: «آن چیزی که شیعه به نام امامت معتقد است، غیر از آن چیزی است که آن ها به نام امامت معتقدند.
آن چه اهل تسنن به نام امامت معتقدند، یک شأن دنیایی امامت معتقدند. امام همان حاکم میان مسلمین، فردی از افرادی مسلمین که باید او را برای حکومت انتخاب کنند. آن ها بیش از حکومت بالا نرفتند، ولی امامت در شیعه مسئله ای است مقارن نبوت و بلکه از بعضی از درجات نبوت بالاتر است».بر این اساس امامت از نظر شیعه جزء اصول دین است، ولی نزد اهل سنت از فروع دین محسوب می شود، زیرا امامت از منظر اهل سنت در حد رهبری سیاسی مسلمانان بعد از پیامبر است.در این صورت یک مسئلة فرعی مثل نماز خواهد بود، اما امامت در شیعه مفهومی است نظیر نبوت. در حقیقت ولایت ادامه نبوت است. این از رو باید در کنار نبوت به عنوان یکی از اصول دین مطرح گردد.اختلاف دیگر سنی و شیعه در مورد صحابه رسول الله است.اهل سنت معتقدند همة صحابه عادل اند. ابن حجر می گوید: «اهل سنت اجماع دارند بر این که همة صحابه عادل اند و در این مورد جز بدعت گزاران مخالفتی ندارند».
اما شیعه معتقد است در صحابه منافق نیز وجود داشته و آیه «افک» گواه بر این مدعا است.
از طرفی ملاک جدایی مؤمن و منافق را پیامبر اکرم(ص) محبت امام علی و بغض آن حضرت قرار داده اند.از این رو هر کس بغض علی(ع) را داشته باشد و با او بجنگد، منافق خواهد بود و در این جهت فرقی بین صحابه و غیر صحابه نیست.شایان یاد آوری است که امروزه برخی از اهل سنت، عدالت صحابه را قبول ندارند.اختلاف اصلی دیگر در منابع استنباط احکام اسلامی است.اهل سنت در کنار کتاب و سنت و اجماع،‌ اجتهاد صحابه را نیز به عنوان یکی از منابع اصلی شناخت و تعیین احکام بر شمرده‌اند که منظور از اجتهاد،‌ عمل به رأی است. نزد شیعه و اهل بیت، قرآن و سنت دو منبع اساسی برای احکام الهی است و قیاس و عمل به رأی و اجتهاد جایگاهی ندارد.
اهل بیت خود نیز حکمشان را مستند به قرآن و سنت رسول می کردند. برای مطالعه و تحقیق بیشتر به کتاب معالم المدرستین یا ترجمة آن به نام نشانه های دو مکتب علامه سید مرتضی عسگری مراجعه فرمایید.البته اختلافات دیگری نیز در مسائل جزئی و امور عبادی وجود دارد، مانند نحوه وضو گرفتن، نحوه نماز خواندن که همه به مبنای کلامی واعتقادی بر می گردد .

علت اختلاف شیعه و اهل سنت در وضو چیست ؟

اختلاف شیعه و اهل سنت در این مسائل به اختلاف در مبانی استنباط احکام دینی بر می گردد.هر یک از مذاهب فقهى اسلامى براى استنباط احکام دین، از یکسرى اصول و مبانى بهره می گیرند. طبیعى است که اگر در اصول، مبانى و منابع استنباط با هم اختلاف داشته باشند، نتیجه و ره آورد استنباط ها متفاوت خواهد شد. بسیارى از اختلافات فقهى شیعه و سنی،‌ ریشه در تفاوت دیدگاه ها در اصول و مبانى استنباط دارد، مثلا‍ً اهل سنت افزون بر قرآن و سنت پیامبر(ص) به سنت صحابه و گاهى به سنت تابعین ارزش مى دهند،‌ ولى شیعه افزون بر قرآن و سنت پیامبر (ص)، به سنت اهل بیت پیامبر(ص) بها مى دهند و سنت صحابه را اگر مستند به سنّت پیامبر نباشد، به عنوان منبع شرعى نمى پذیرند.

برخى از اختلافات فقهى ریشه در همین نکته دارد. اختلاف در وضو هم از همین نوع است. شیعیان با تمسک به حدیث ثقلین، به اهل بیت و امامان معصوم(ع) مراجعه مى کنند و احکام شرعى خویش را فرا مى گیرند، امّا اهل سنّت این چنین عمل نمی کنند.
در زمان خلفا به ویژه خلیفة دوم (عمر) سیاست جلوگیرى از نشر حدیث رواج داشت و خلفاى بعدى تا زمان عمر بن عبدالعزیز، همین سیاست را در پیش گرفتند که سرانجام بسیارى از روایت هاى پیامبر اسلام(ص) و حوادث صدر اسلام به فراموشى سپرده شد و نسل هاى بعدى نسبت به آن بیگانه شدند. زین پس شیعیان با مراجعه به امامان معصوم(ع) توانستند سنت فراموش شده پیامبر(ص) را دریابند و آن را سرمشق زندگى خویش قرار دهند؛ به عنوان مثالدر مورد وضو: امام باقر(ع) در این راستا ظرف آبى برداشت و به وضو پرداخت و فرمود: پیامبر (ص) چنین وضو مى ساخت.(1)
کیفیت وضوى اهل سنت به جهت تفسیرى است که ایشان از آیه "فاغسلوا وجوهکم و ایدیکم الى المرافق" (2) دارند.
ظاهر معناى آیه چنین است که صورت و دست‏ها را تا آرنج بشویید. اهل سنت از کلمه "الى" خیال مى‏کنند که آیه مى‏گوید دست‏ها را از سرانگشتان به طرف آرنج بشویید، ولى با اندکى دقّت روشن مى‏شود که کلمه "الى" تنها براى بیان حدّ شستن است، نه کیفیّت شستن.
توضیح: آیه درست به آن مى‏ماند که انسان به کارگرى سفارش مى‏کند دیوار اتاق را از کف تا یک متر رنگ کند. بدیهى است منظور این نیست که دیوار از پایین به بالا رنگ شود، بلکه منظور این است که این مقدار باید رنگ شود، نه بیشتر و نه کمتر. بنابراین فقط مقدارى از دست که باید شسته شود، در آیه ذکر شده ، اما کیفیت آن در سنت پیامبر (که به وسیله اهل بیت به ما رسیده) آمده است و آن شستن آرنج است به طرف سر انگشتان.(3)
البته مذاهب چهارگانه اهل سنت، شستن دست هنگام وضو از سر انگشتان تا آرنج را واجب نمى‏دانند و مى‏گویند بهتر است که بدین طریق وضو گرفته شود.
امامیه(شیعه) گفته‏اند: از آرنج واجب است و عکس آن باطل است، هم چنان که مقدّم داشتن دست راست بر چپ واجب است. باقى مذاهب گفته‏اند: شستن آن‏ها به هر طریقى که باشد، واجب بوده و تقدیم دست راست و شروع از انگشتان تا آرنج افضل است؛ (4) یعنى ثواب بیشترى دارد.
شستن پا به جاى مسح که میان اهل سنت رواج دارد، تفسیر خاصى است که از ادامه همان آیه ارائه داده‏اند. به نظر آنها کلمه "ارجلکم" (پاها) بر "وجوهکم" (صورتها) عطف شده و باید مانند آن شسته شود، اما شیعه معتقد است این کلمه بعد از کلمه رؤوس (سرها) ذکر شده و عطف به آن است و باید پاها را مانند سر مسح کنید.
در هر حال اختلاف عمل در مذاهب اسلامى ناشى از اختلاف برداشت و فهم متفاوت از آیات بوده و سنت پیامبر را هر دو گروه طبق عقیده خود مى‏دانند، اما شیعه افتخار دارد که پیرو ائمه اطهار بوده و پیشوایان معصوم(ع) از آیات الهى و روش و سنت و گفتار رسول خدا(ص) آگاه‏تر بوده و درست‏تر تفسیر مى‏کنند.
و همان گونه که بیان شد در روایات ائمه(ع) بیان شده که روش وضوى پیامبر(ص) به روش شیعه بوده است.
در مورد نماز نیز فرق هایی بین شیعه و سنی هست مانند مسئله دست بسته بودن (تکفیر و یا تکتّف) در حال نمازکه اهل سنت انجام می دهند، از زمان خلیفه دوم مرسوم شد و از بدعت هاى ایشان است . در زمان پیامبر و خلیفه اول این طور نماز می خواندند هنگامى که اسیران جنگى ایرانى بر عمر وارد شدند، همین کار را کردند. عمر از این کار خوشش آمد و گفت : خوب است در نماز در برابر پروردگار همین کار را بکنیم . اما شیعه با توجه به روایات امامان معصوم آن را درست نمی داند.
امام باقر(ع) فرمود: و علیک بالاقبال على صلاتک ... قال : ولا تکفّر فانّما یصنع ذلک المجوس؛ بر تو باد به توجه قلبى بر نمازت ... و دست بر روى دست در حال نماز نگذار، زیرا این کار مجوس است.(5)
بنابر این به عقیده شیعه این نحو نماز خواندن درست نیست وتکفیر یکى از مبطلات نماز است، زیرا بدعت در دین محسوب می شود.پیامبر(ص)فرمود: صلّوا کما رأیتمونى أصلى ؛ همانطور که من نماز مى خوانم نماز بخوانید. پیامبر و اصحاب دست بسته نمى خواندند.